• исследования по повышению эффективности научных разработок в области сохранения и рационального использования сырьевой базы, аквакультуры, экологии и сохранения биоразнообразия;
• проекты перспективных тематических планов, программ и научно-исследовательских работ рыбохозяйственного и природоохранного профиля, связанные с проведением фундаментальных и инновационных исследований в области биологии водных организмов и экосистем;
• исследования по изучению закономерностей формирования биологических ресурсов   водных объектов и их рационального использования;
• комплексные исследования сырьевой базы промысла водных биоресурсов, их охраны и рационального использования, с учетом условий среды обитания;
• исследования промысловых беспозвоночных и водорослей и рекомендации по их рациональному использованию;
• меры по регулированию рыболовства с целью рационального использования и сохранения воспроизводительной способности объектов промысла;
• научные исследования в области поведения рыб, закономерностей функционирования сенсорных систем и их участия в обеспечении разнообразных поведенческих актов рыб;
• научные исследования в области изучения морских млекопитающих, состояние их запасов в территориальных водах, рекомендации по рациональному промысловому использованию, разработка научных программ и отдельных проектов, в том числе научно – просветительских и касающихся содержания животных в неволе (в океанариумах);
• мероприятия по повышению естественного и искусственного воспроизводства промысловых рыб и других водных животных и растений;
• исследования по разработке новых биотехнологий   выращивания ценных видов гидробионтов, включая разные направления развития аквакультуры (индустриальное, пастбищное и т.д.), а также по разведению и освоению новых объектов (интродуцентов);
• технологии по формированию, содержанию и эффективному использованию маточных стад осетровых, лососевидных, карповых рыб и других гидробионтов, мониторинг их эффективной эксплуатации в условиях искусственного воспроизводства;
• исследования по разработке новых генетических биотехнологий и методов криоконсервации гидробионтов; 
• мероприятия по сохранению и использованию существующих селекционных достижений, по созданию новых пород, проблемы формирования живых генетических коллекций и организации криобанков геномов гидробионтов;
• научные основы изучения и улучшения качества водной среды и управления водным режимом водных объектов   с целью повышения их биологической продуктивности; 
• рыбохозяйственная регламентация поступления химических веществ с целью предотвращения или снижения загрязнения водоемов, методы дифференциальной диагностики отравления рыб в загрязненных водных объектах;
• изучение общих закономерностей и механизмов накопления токсикантов кормовыми организмами и рыбами, влияние загрязнений на качество продукции;
• последствия влияния хозяйственной и иной деятельности на запасы рыб и других гидробионтов и среду их обитания, развитие и совершенствование методов оценки ущербов, причиняемых водным биологическим ресурсам;
• мероприятия по предотвращению, устранению, максимальному уменьшению, компенсации последствий антропогенного воздействия на водные объекты рыбохозяйственного значения и их биоресурсы;
• исследования и научно-практические работы по охране здоровья рыб, водных животных и растений, а также по получению экологически безопасной продукции рыбоводства;
• ихтиопатологический мониторинг объектов аквакультуры и естественных популяций промысловых рыб, методы прогнозирования и предотвращения эпизоотических ситуаций;
• биологические, технологические и ветеринарно-санитарные методы оздоровления рыбохозяйственных водоемов;
• программы, рыбоводно-биологические обоснования, проектно-конструкторские разработки по испытанию и внедрению эффективных рыбозащитных и рыбопропускных устройств; 
• исследования по любительскому и спортивному рыболовству с целью организации рационального использования биологических ресурсов внутренних водоемов;
• проблемы акклиматизации гидробионтов и рассмотрение биологических обоснований на вселение в водоемы новых объектов;
• научные проблемы формирования механизма экономического обеспечения устойчивого развития рыбопромышленного комплекса;
• экспертиза научных программ и отчетов, предпроектных и проектных разработок, включая схемы комплексного использования и охраны водных объектов, нормативно-правовых и методических документов в области изучения, рационального использования, сохранения, восстановления, охраны водных биологических ресурсов и среды их обитания, а также в области аквакультуры;
• совершенствование подготовки специалистов биологического профиля по аквакультуре и эксплуатации водных биологических ресурсов.

             3. Руководство деятельностью НКС осуществляют Председатель, Заместитель (Заместители) председателя и Ученый секретарь. Председатель и Заместители председателя избираются членами НКС и утверждаются Ученым Советом ФГУ «МИК».

             4.Члены НКС (кроме штатных сотрудников МИК) участвуют в работе на общественных началах.

             5. Научный консультативный совет:

•  образует бюро совета в составе Председателя НКС, Председателя секции, их заместителей, Ученого секретаря, а также не менее 2-х членов НКС;
•  организует в своем составе в случае функциональной необходимости   секции по отдельным направлениям развития проблемы, временные рабочие группы для подготовки и изучения отдельных вопросов. Председатель секции   избирается членами НКС.

             Научный консультативный совет, бюро, секция, рабочая группа правомочны принимать решения путем открытого голосования большинством голосов, участвовавших в заседании.

              6. Учеными секретарями НКС являются штатные сотрудники МИК, назначаемые Директором МИК, которые ведут работу по организации деятельности НКС.

              7. К работе в заседаниях НКС могут привлекаться ведущие ученые и высококвалифицированные специалисты России и других стран по рассматриваемой проблеме из различных министерств, ведомств и научных организаций.

              8. НКС проводят заседания в соответствии с ежегодны планом, утверждаемым Директором ФГУ «Межведомственная ихтиологическая комиссия», а также внепланово по оперативным вопросам.

             9. Результаты, обсуждаемых проблем на заседаниях НКС, оформляются в виде решений, резолюций, протоколов с рекомендациями и направляются, от имени ФГУ «МИК», в Федеральное агентство по рыболовству и иные ведомственные и вневедомственные организации.